La protección del medio ambiente es una de las metas fundamentales de YPF. La empresa es la única compañía refinadora y comercializadora que vende todas sus naftas sin plomo. En 1995, YPF puso en funcionamiento nuevas plantas para el tratamiento de efluentes en las refinerías de Plaza Huincul y La Plata. Además, se implementó un programa de integridad de sus poliductos, a fin de proteger las napas de agua subterránea y los acuíferos. YPF estima terminar, a comienzos de 1997, una unidad para el tratamiento de líquidos, que eliminará los efluentes en la refinería de Luján de Cuyo. También se terminarán dos unidades tipo Clauss para el tratamiento de gases, que habrán de reducir las emisiones de azufre.

YPF busca permanentemente las oportunidades y posibilidades para neutralizar el impacto ambiental de sus instalaciones y operaciones. Ha realizado y seguirá haciéndo significativas inversiones de capital para asegurar que las operaciones de la empresa se lleven a cabo de un modo seguro y no perjudicial para el medio ambiente.